La rénovation consiste dans la modernisation de l’enveloppe des bâtiments, la mise en place d’un système de régulation de l’hygrométrie et de la température, et la livraison d’un sol permettant d’accueillir les plantations voulues.

Suivant une démarche de Haute Qualité Environnementale (HQE), il s'agit de recréer les conditions climatiques favorables à la conservation des espèces collectionnées et à l'accueil du public.

L'accent est mis notamment sur la performance énergétique (chauffage, isolation), la réutilisation de l’eau de pluie (pour l'arrosage et l'utilisation de l'espace "multiplication"), la qualité de l’éclairage naturel et la qualité de l’air (hygrométrie)

L’insertion paysagère des pavillons 12 et 14 repose sur le respect de l’identité visuelle originelle du site et la volonté de "relier" les nouveaux pavillons avec les anciens dans un geste unifiant et cohérent.

De larges débords de toiture sont conservés tandis que la couverture shingle prolonge les coursives attenantes. La couverture polycarbonate vient quant à elle couvrir dans la continuité les pans de toiture à quatre versants des pavillons.

Enfin le traitement de surface de la couverture shingle est réalisé grâce à un procédé de végétalisation permettant de renforcer la continuité visuelle avec les pavillons et coursives avoisinants eux-mêmes largement végétalisés.